La réforme de la facturation électronique entre dans sa phase concrète. Dès le 1er septembre 2026, une nouvelle obligation s’impose à la quasi-totalité des entreprises françaises : être en capacité de recevoir ses factures fournisseurs au format électronique. La question que nous entendons le plus souvent au cabinet est simple : « Suis-je vraiment concerné ? » La réponse l’est beaucoup moins. Micro-entrepreneur en franchise de TVA, loueur en meublé, SCI, profession de santé, holding, association : chaque situation mérite une analyse précise. Ce guide vous aide à y voir clair, cas par cas.

1. Le principe : tout repose sur l’assujettissement à la TVA

Pour déterminer si une entité entre dans le champ de la réforme, deux conditions doivent être réunies cumulativement : disposer d’un numéro SIREN et être assujettie à la TVA au sens de l’article 256 A du Code général des impôts.

Attention à ne pas confondre deux notions très différentes. La distinction qui compte n’est pas celle entre redevable et non-redevable, mais bien celle entre assujetti et non-assujetti.

1.1. Qu’est-ce qu’un « assujetti exonéré » ?

Une entité peut être assujettie à la TVA tout en étant exonérée, c’est-à-dire sans facturer ni collecter de TVA. C’est le cas, par exemple, d’un médecin qui ne réalise que des actes de soins, d’un loueur en meublé d’habitation ou d’une SCI louant un logement nu. Ces structures exercent une activité économique indépendante : elles sont donc assujetties et, à ce titre, concernées par la réforme au minimum pour la réception de leurs factures.

1.2. La franchise en base n’est pas un non-assujettissement

C’est l’erreur la plus fréquente. Un micro-entrepreneur en franchise en base de TVA reste pleinement assujetti : il ne collecte pas de TVA, mais il exerce bien une activité économique. Il est donc concerné par la réforme au même titre qu’une entreprise au régime réel.

1.3. Qui est réellement hors champ ?

Seules les entités qui n’exercent aucune activité économique (gestion purement patrimoniale, holding passive) ou qui ne disposent pas de SIREN sont totalement en dehors de la réforme.

2. Les entreprises et professionnels concernés

2.1. Les sociétés commerciales et entreprises au régime réel

Sans surprise, elles sont concernées par l’ensemble du dispositif : réception en 2026, émission et e-reporting en 2027, selon le calendrier propre à leur catégorie.

2.2. Les micro-entrepreneurs

Concernés pleinement, même en franchise en base. Réception obligatoire dès septembre 2026 ; émission ou e-reporting en 2027 selon la nature de leur activité au regard de la TVA.

2.3. Les professions libérales en franchise de base

Un professionnel libéral en franchise reste assujetti et doit donc s’équiper pour la réception dès 2026. Pour l’émission, tout dépend de la nature de ses opérations : un avocat ou un consultant dont les prestations sont dans le champ de la TVA (même non collectée) devra émettre des factures électroniques en B2B et faire de l’e-reporting en B2C.

3. Les cas particuliers à bien analyser

C’est ici que l’accompagnement d’un expert-comptable prend tout son sens. Plusieurs situations sortent de la logique intuitive.

3.1. Les professions de santé

Un médecin, un dentiste, un kinésithérapeute ou un infirmier qui ne réalise que des actes de soins exonérés est un assujetti exonéré. Concrètement :

• Émission : aucune obligation sur les actes de soins.

• E-reporting : aucune obligation sur les soins (opérations exonérées par nature).

• Réception : obligatoire dès septembre 2026.

Exemple. Léa, infirmière libérale en micro-BNC, ne facture que des soins remboursés. Elle n’émettra jamais de facture électronique au titre de son activité. En revanche, dès septembre 2026, elle devra pouvoir recevoir, via une plateforme agréée, les factures de son grossiste en matériel, de son assurance ou de son bailleur.

3.2. Le professionnel de santé avec une activité annexe taxable

Dès qu’une partie de l’activité sort du soin thérapeutique, elle bascule dans le champ de la TVA.

Exemple. Karim, médecin généraliste, soigne ses patients (exonéré, rien à émettre) et réalise par ailleurs des expertises pour une compagnie d’assurance. Ces expertises, opérations entre professionnels soumises à TVA, doivent faire l’objet de factures électroniques. La règle pratique : séparer les deux flux et traiter chacun selon son régime.

3.3. Le piège de la redevance de collaboration

Voici une subtilité souvent ignorée. Les redevances versées dans le cadre d’une collaboration libérale ne bénéficient pas de l’exonération applicable aux activités médicales. Même lorsque le praticien est en franchise en base, ces redevances sont adressées à un assujetti et doivent donner lieu à une facture électronique. Un remplaçant qui verse une redevance à un titulaire est donc concerné par l’émission sur cette somme.

3.4. Les loueurs en meublé (LMNP et LMP)

Tout dépend du régime de TVA de l’activité de location.

• Location meublée classique d’habitation (exonérée de TVA, article 261 D du CGI) : aucune obligation d’émission ni d’e-reporting. Le loueur, en tant qu’assujetti, doit uniquement pouvoir recevoir ses factures et désigner une plateforme agréée.

• Activité soumise à TVA (para-hôtellerie, location de locaux commerciaux avec TVA) : le loueur entre dans le champ complet. Vers un professionnel (B2B), il émet une facture électronique ; vers un particulier (B2C), il relève de l’e-reporting.

À noter : lorsque la gestion est confiée à une agence via un mandat de facturation, c’est généralement l’agence qui assume les obligations d’émission pour le compte du loueur.

3.5. Les SCI

Les obligations dépendent de la situation de la SCI au regard de la TVA.

• SCI sans activité (« coquille vide », bien non loué) : non assujettie, totalement hors champ, ni en réception ni en émission.

• SCI non redevable (location nue d’habitation relevant de l’article 261 D) : assujettie exonérée. Pas d’émission ni d’e-reporting, mais obligation de réception dès septembre 2026.

• SCI redevable de TVA (location d’un bureau avec TVA, par exemple) : soumise à l’ensemble des obligations, réception comme émission.

3.6. Les holdings

• Holding passive, dont l’objet unique est la détention de participations sans immixtion dans la gestion : non assujettie, donc entièrement hors champ, y compris pour la réception.

• Holding animatrice, qui s’implique dans la gestion de ses filiales (prestations de services, refacturation de management fees) : assujettie, donc concernée par l’ensemble du dispositif.

3.7. Les associations

Leur sort dépend de leur assujettissement, qui varie selon la nature et le volume des activités. Quatre situations se distinguent :

• Association non lucrative, sans opérations à caractère onéreux : non assujettie, hors champ.

• Association avec activités lucratives accessoires (gestion désintéressée, recettes commerciales sous le seuil légal) : considérée comme non assujettie, hors champ.

• Association exonérée dont l’activité lucrative principale relève d’une exonération spécifique (formation professionnelle continue, location de locaux nus d’habitation…) : assujettie exonérée, donc réception obligatoire mais ni émission ni e-reporting.

• Association lucrative taxable : assujettie, soumise à l’ensemble des obligations.

4. Tableau de synthèse

5. Mon entreprise n’apparaît pas (ou apparaît à tort) dans l’annuaire. Que faire ?

L’annuaire central qui recense les entités concernées est alimenté à partir des bases de l’administration fiscale. Des erreurs de classement existent, notamment la confusion entre non-assujettis et assujettis exonérés, particulièrement fréquente pour les professionnels de santé et les SCI. L’administration a engagé des opérations de correction en masse sur ces populations. Avant toute démarche individuelle auprès de votre service des impôts, mieux vaut vérifier que ces corrections automatiques ont été appliquées, afin d’éviter les traitements redondants.

Cet article a une vocation informative et ne constitue pas un conseil personnalisé. Chaque situation devant être appréciée individuellement, nous vous invitons à nous consulter pour une analyse adaptée à votre activité.